Kolej Tingkatan Enam Sultan Sallehuddin dahulunya dikenali sebagai Sekolah Menengah Kebangsaan Hutan Kampong yang telah mula beroperasi pada 2 Januari 2005. Pembukaan sekolah yang ke-36 di daerah Kota Setar ini adalah bertujuan menampung keperluan pendidikan aliran perdana pada masa itu yang melibatkan pengambilan sulung pelajar seramai 380 orang. Pada Ogos 2006, sekolah ini juga turut melaksana Program Pendidikan Khas Integrasi Bermasalah Pembelajaran (PPKIBP) dengan jumlah pelajar awal seramai 17 orang. Pelan dan struktur sekolah berkonsepkan sebuah kompleks pendidikan dibina di atas sebidang tanah berkeluasan 7.01 ekar telah dilengkapi dengan prasarana dan kemudahan yang lengkap. Sekolah Menengah Kebangsaan Hutan Kampong mula mengalami perubahan fungsi secara berfasa mulai 2014 apabila sekolah ini terpilih menerusi perancangan Jabatan Pendidikan Kedah untuk dijadikan Pusat Tingkatan Enam Mod 1 mulai tahun 2019. Selaras dengan perkembangan ini, aliran perdana di sekolah ini akan berakhir pada 31 Disember 2018. Perubahan yang berlaku adalah selaras dengan dasar transformasi pendidikan dalam konteks penjenamaan semula tingkatan enam di seluruh negara yang dilaksana oleh Kementerian Pendidikan Malaysia seperti yang termaktub dalam Pelan Pembangunan Pendidikan Malaysia (PPPM) 2013–2025.
Pada tahun 2014, SMK Hutan Kampong mula menerima kemasukan pelajar-pelajar tingkatan enam secara berfasa dari sekolah-sekolah yang berdekatan dalam daerah Kota Setar. Pada 20 April 2014 seramai 42 orang pelajar dan 22 orang guru dari SMK Sultanah Bahiyah, SMK Sultanah Asma dan SMK Darul Aman mula ditempatkan di sekolah ini sebagai proses awal penyediaan Pusat Tingkatan Enam. Pengambilan pelajar bertambah seramai 100 orang pada tahun 2015. Pada 2 Januari 2016, seramai 110 pelajar tingkatan enam dan 21 orang guru dari SMK Dato Syed Omar telah dipindahkan ke SMK Hutan Kampong. Pertambahan enrolmen pelajar ini telah meningkatkan jumlah kelas dan tenaga pengajar di tingkatan enam. Pada tahun 2017 terdapat 12 kelas yang menawarkan pakej mata pelajaran aliran kemanusiaan dan sains. Pada tahun 2018 bilangan kelas mengikut pakej mata pelajaran yang ditawarkan telah meningkat kepada 22 kelas dengan jumlah pelajar seramai 356 orang. Sementara itu, jumlah guru bertambah kepada 53 orang.
Mulai April 2018 SMK Hutan Kampong mula menerima perpindahan secara berfasa guru-guru akademik tingkatan enam dari Sekolah Menengah Teknik Alor Setar dan SMK Tunku Abdul Rahman apabila aliran tingkatan enam di sekolah berkenaan mula ditutup secara berperingkat.Pada akhir tahun 2018 jumlah guru tingkatan enam di sekolah ini telah bertambah kepada 62 orang. Sementara itu mulai 1 Januari 2019 seramai 9 orang guru dari SMK Tunku Abdul Rahman telah ditempatkan di sekolah ini apabila aliran tingkatan enam di sekolah tersebut ditutup sepenuhnya. Jumlah tenaga pengajar di tingkatan enam di sekolah ini pada awal tahun 2019 ialah berjumlah 73 orang.
Pada 1 Januari 2019, sekolah ini telah beroperasi sepenuhnya sebagai Pusat Tingkatan Enam Mod 1 dengan nama baru institusi iaitu Kolej Tingkatan Enam Sultan Sallehuddin. Seiring dengan imej baru, institusi ini telah mengambil pelbagai inisiatif ke arah merealisasikan keberhasilan pendidikan yang berimpak tinggi bagi mencapai hasrat melahirkan pelajar-pelajar prauniversiti yang memiliki ketrampilan dan sentiasa berprestasi tinggi dalam semua aspek. Berpaksikan moto “Aspirasi, Tranformasi, Kualiti”, penubuhan Kolej Tingkatan Enam Sultan Sallehuddin telah mencatat sejarah sebagai mercu tanda baru institusi pendidikan prauniversiti di daerah Kota Setar. Kini, Kolej Tingkatan Enam Sultan Sallehuddin merupakan Kolej Tingkatan Enam yang pertama di daerah Kota Setar, yang ke- 2 di negeri Kedah dan merupakan yang ke- 21 di Malaysia. Pada 16 Julai 2019, Majlis Pemasyhuran Kolej Tingkatan Enam Sultan Sallehuddin telah disempurnakan oleh Kebawah Duli Yang Maha Mulia Tuanku Sultan Kedah.